北府军，又称北府军，是谢玄在中国东晋时期主持的军队。起初，权力几乎只属于陈军谢氏家族，后来几次换主，成为南朝军队的主力军。东晋孝武帝太元二年(377年)，由于前秦统一了北方中国，东晋王朝遭受了前所未有的军事压力，因此诏求良将镇御北方。当时的权臣谢安遂任命侄子谢玄应举。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事、镇广陵。当时，广陵和京口聚集了大量逃避北方战争的流民。谢玄上任后，他们选拔了刘牢等勇士，成立了太元四年（379年）的军队。谢玄改镇京口，因为当时京口也被称为北府，所以他的军队被称为北府士兵。太元八年(383年)，北府军在飞水之战中一举击败前秦大军，乘势追击，刘牢之一度追到叶，北府军从此一战，历史上留名。
太元十二年(387年)，谢玄被解除北府军领导权，司马田、王恭先后代之，北府军军阀化。晋安帝隆安元年(397年)，王恭率领北府军起兵反晋，次年刘牢之杀，代之为北府军领袖。此后，北府军主要致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。晋安帝元兴元年(402年)，北府军奉命征服在荆州分离的桓玄。刘牢之立即投降桓玄。桓玄称帝后，他削减了刘牢的兵权。刘牢打算出兵对抗桓玄。然而，由于投降桓玄已经失去人心，所有叛徒都离开了自杀。元兴三年(404年)，原北府军参军刘裕率其余部队在京口起兵反抗桓玄，并杀之。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立宋朝，北府军成为其皇军的主力军。
战后不到两年，即太元十年四月，谢安为避开司马道子，离开镇广陵，让中枢朝权。太元十二年正月，朱序为青，兖州刺史，代谢玄镇淮阴，征玄为会稽内史，解除兵权。太元十五年，孝武帝后兄王恭为都督青、兖、幽、冀、徐州晋陵诸军事，兖、青二州刺史，镇京口，北府兵为王恭掌握。隆安元年，恭恭在京口起兵，反对司马道子和王国宝。北府兵成为内部火并的工具。第二年，恭恭又起兵了。他的司马刘牢之反击灭了王恭，代恭为都督青、兖、幽、冀、徐、扬州晋陵等军事，镇京口。三年来，孙恩起义，北府兵再次成为镇压起义兵的主力军。元兴元年3月，刘牢之投降桓玄，被夺去兵权，被迫自杀。北府兵为桓玄并吞。北府兵重要将领高素、朱谦之、朱朗之、刘袭、刘季武、孙武均被杀。刘震的儿子刘敬宣投奔南燕慕容德。
北府兵以地京口和广陵为基础，分别由桓修和桓弘镇，北府兵由诸桓分领，北府兵至此瓦解。从东晋太元两年北府兵成立，到谢玄十二年解除兵权，共十年。从太元十二年到元兴元年十五年，北府兵主要掌握在刘牢手中。元兴三年，刘裕在京口重组了北府兵，但这不是北府兵的重建，而是新王朝军队的开始。